大殿屋檐前原挂有明太祖朱元璋御制“至圣百字赞”木质匾额一块，“文化大革命”中的1967年被毁。寺建成后，马雄曾延聘全国各地的著名经师到柳州讲学，并在寺内创办了广西最早的经堂学校。康熙十九年(1680年)，清兵平定柳州时，寺毁于火。康熙三十四年(1695年)重修。 道光十三年（1833年）、咸丰四年（1854年）因该寺颓旧，又曾集资修建。先后有广东人马代麟、提督乌大经、经师杜从云、伍万春等出力，清真寺之建筑，一天比一天整齐。咸丰七年(1857年)李文茂起义，寺又被毁。光绪四年(1878年)再度重修，民国12年（1923年）又经马、以、白等姓回民教徒集资修建。
历次修建都恢复清真寺的旧观，寺建筑面积约2000平方米。寺始建时，正门向南，1983年改向北，清真寺现仅存有大殿及水房，总占地约1500平方米，寺内大殿面积为219.4平方米,2000年1月,市政府下文,将临近清真寺的437.68平方米土地使用权划为清真寺建设用地。柳州清真寺是柳州市回民欢庆开斋节、古尔邦节（宰牲节）、圣纪节等三大节日聚会的地方。每逢这些节日，都有教徒和教众来此朝圣。
