塔高九级，每级八角上有木刻龙头，口含宝珠，下挂风铃。其建筑技巧集木工、铁工、画师技法于一体。塔主体为木质结构，外檐系楼阁式建造，塔身内壁为空心砖砌，每层都有门窗、楼板、回廊和塔心，窗上雕有花饰，门楣嵌砖雕横额。全塔没有一钉一铆，全靠差斗拱、大梁立柱连结，纵横交错，相互拉结。登上塔顶，扶栏远眺，全市风光尽收眼底。
第一层东为"登极乐天"、西为"入三摩地"。第二层东为"西天正觉"，西为"宝代金绳"等，整个塔没有一钉一铆，全靠斗拱、大梁、立柱、纵横交错，相互拉结，是完整而坚固的木质结构造型。附有楼梯，供人攀登。每层都有回廊、扶栏、可依栏远眺，整座塔给人以高大、巍峨之感，体现了我国独特的楼阁建筑艺术特点。最上层原有古钟一口，叩之，钟声隐约若在天际，四野皆闻。"木塔疏钟"，曾是甘州八景之一，可谓："塔势凌霄汉，钟声叩白云"。
僧卜舟题万寿塔诗一首："巍然笔势蘸寒谷，九级玲珑造化互，结顶朝元映日月，盘根错节傲霜风。声飘烟景微茫外，影射波光淡漠中，灵瑞毓钟张掖秀，宏仁标范永流东"。这座塔不仅造型美观，而且构制精细，别具风格。塔后有楼，俗名黑楼，取镇慑黑水之意。现存者为清末重建，也称藏经楼，阔五间，27.4米。楼有两层重檐歇山顶，四周木构栏，雄伟壮阔。1983年到1986年，人民政府拨款修复，现在修葺一新，全寺形成一个比较完整的古建筑群。木塔寺内现辟有张掖市民俗博物馆。
