| 车 次 | 类 型 | 始发站 | 始发时间 | 查询车站 | 到站时间 | 开车时间 | 站点站 | 站点时间 | 里程 |
| 5079 | 普快 | 淮安 | 08:24 | 南通 | 12:41 | 终点站 | 南通 | 12:41 | 291 |
| 5080 | 普快 | 南通 | 14:54 | 南通 | 始发站 | 14:54 | 淮安 | 19:10 | 291 |
| 5095/5098 | 普快 | 南通 | 08:28 | 南通 | 始发站 | 08:28 | 南京 | 12:28 | 284 |
| 5096/5097 | 普快 | 南京 | 14:08 | 南通 | 18:06 | 终点站 | 南通 | 18:06 | 284 |
| 5099 | 普快 | 淮安 | 14:15 | 南通 | 18:28 | 终点站 | 南通 | 18:28 | 291 |
| 5100 | 普快 | 南通 | 09:14 | 南通 | 始发站 | 09:14 | 淮安 | 13:19 | 291 |
| 5111/5114 | 空调普快 | 温州 | 21:40 | 南通 | 16:46 | 终点站 | 南通 | 16:46 | 1162 |
| 5112/5113 | 空调普快 | 南通 | 20:17 | 南通 | 始发站 | 20:17 | 温州 | 13:45 | 1162 |
| k563/k566 | 空调快速 | 太原 | 13:30 | 南通 | 09:05 | 终点站 | 南通 | 09:05 | 1409 |
| k564/k565 | 空调快速 | 南通 | 13:04 | 南通 | 始发站 | 13:04 | 太原 | 09:12 | 1409 |
| k567/k570 | 空调快速 | 重庆北 | 20:54 | 南通 | 10:12 | 终点站 | 南通 | 10:12 | 2112 |
| k568/k569 | 空调快速 | 南通 | 15:24 | 南通 | 始发站 | 15:24 | 重庆北 | 05:40 | 2112 |
| n453/n456 | 空调快速 | 南通 | 14:28 | 南通 | 始发站 | 14:28 | 南京 | 18:22 | 284 |
| n454/n455 | 空调快速 | 南京 | 08:32 | 南通 | 12:18 | 终点站 | 南通 | 12:18 | 284 |
| n457/n460 | 空调快速 | 南通 | 20:50 | 南通 | 始发站 | 20:50 | 衢州 | 09:52 | 1061 |
| n458/n459 | 空调快速 | 衢州 | 16:40 | 南通 | 07:10 | 终点站 | 南通 | 07:10 | 1061 |
| z51 | 直达特快 | 北京 | 19:20 | 南通 | 07:42 | 终点站 | 南通 | 07:42 | 1325 |
| z52 | 直达特快 | 南通 | 19:06 | 南通 | 始发站 | 19:06 | 北京 | 07:36 | 1325 |
